乔纳森·艾萨克被魔术队选中，希望他能在重塑球队方面发挥重要作用。 在 2017 年 NBA 选秀大会上以第六顺位被选中，球队的球迷看到了他的潜力并期待他的发展。 但即使在他的新秀赛季，伤病也阻碍了他在联盟中的成长和发展。
艾萨克在他的第一个赛季只为奥兰多打了 27 场比赛，其中有 10 场是首发。他因右脚踝扭伤被排除在外，并在新秀赛季后期被分配到发展联盟。 尽管如此，作为一名新秀，这位魔术队中锋场均能够得到 5.4 分、3.7 个篮板和 1.2 次抢断，同时三分命中率达到 34.8%。
他的第二个赛季与他的新秀赛季不同，因为艾萨克能够为球队打更多的比赛。 由于他的可用性，这位身高 6 英尺 11 英寸的中锋能够打更多的时间，这帮助他提高了在场上的表现。 在 75 场比赛中，他场均得到 9.6 分、5.5 个篮板和 1.1 次助攻，投篮命中率 42.9%，三分命中率 32.3%。
2019-20 赛季是他最近的一个赛季，他打了 30 多场比赛。 在那段时间里，艾萨克打了 34 场比赛，场均得到 11.9 分、6.8 个篮板和 1.4 次助攻。 这位魔术中锋的投篮命中率也达到了47%，三分球命中率达到了34%。